八月上旬，强台风“莫拉克”肆虐台湾中南部多个县，造成台湾同胞生命和财产重大损失。灾情牵动着全球华人的心，社会各界纷纷伸出援手，向灾区提供捐助。在这危急时刻，水立方作为由港澳台侨同胞捐资共建的场馆，饯行慈善义不容辞。

2009年8月20日下午14时，水立方在场馆内举行了“国家游泳中心向灾区献爱心捐款活动”，为水立方服务的近千名工作人员积极捐款，同时，水立方决定将一百万参观门票收入捐献灾区，表达对台湾同胞的关切和支持。